Zunächst war die Geschichte des Botanischen Gartens von Graz eng mit der des 1811 gegründeten Joanneums verknüpft. Von Anfang an sollte der Garten ein fester Bestandteil des Museums sein, das in seinen Anfangsjahren auch als Lehranstalt diente. Aufgrund städtebaulicher Neuerungen war im Laufe der Zeit allerdings eine Ausgliederung des Botanischen Gartens an seinen heutigen Standort in der Schubertstraße notwendig. Auch heute noch können allerdings einige Pflanzen des ehemaligen Joanneumsgartens bewundert werden, so unter anderem die alten Bäume des Arboretums und die Palmfarne im Oberstock der Eingangshalle.