Der Botanische Garten von Porrentruy ist Teil des Musée jurassien des sciences naturelles. Er wurde 1798 gegründet und gehört damit zu den ältesten botanischen Gärten der Schweiz. Nach einer kompletten Umgestaltung im Jahr 1972 beherbergt der Garten heute unter anderem über 800 Blütenpflanzenarten des Juragebirges, mehr als 80 Rosensorten, über 180 Schwertlilienarten und -sorten, sowie einige Giftpflanzenarten und alte Gemüsesorten. In den Gewächshäusern sind darüber hinaus tropische Pflanzen zu sehen, außerdem gibt es ein Arboretum mit alten Obstsorten aus der Ajoie. Eine besondere Sehenswürdigkeit ist das Foucault'sche Pendel am Eingang des Botanischen Gartens.