Der erste botanische Garten von Besançon wurde bereits 1580 gegründet. Seither hat sich seine Lage innerhalb der Stadt allerdings mehr als 10 mal verändert, bevor er 1957 seinen heutigen Standort am Place Leclerc einnehmen konnte. Der Garten gehört heute zur Université de Franche-Comté und bietet seinen Besuchern eine Übersicht über die Artenvielfalt dieser Region. Pflanzen aus Mooren und Feuchtgebieten sind hier ebenso zu finden, wie Gewächse aus gebirgigen Regionen. Zu den wichtigsten Sammlungen zählen Orchideen, Sukkulenten, Rosen, Obstbäume, fleischfressende Pflanzen und Heilpflanzen.